Ikari Shinji è il protagonista principale di Neon Genesis Evangelion. Lui è il pilota dell'arma umanoide Eva-01. A lui ci si riferisce come "Third Children". Shinji trova incredibilemente difficile esprimere i suoi sentimenti verso gli altri per la paura di farsi male emotivamente, ed è per questo che non è disposto ad adattarsi a nuove situazioni. Anche se è il figlio di Ikari Gendo, il comandante della NERV, Shinji ha un rapporto molto strano con il padre. Gendou lasciò Shinji quando era molto piccolo, e da allora non si sono incontrati per molto tempo.

Incapace, o semplicemente non disposto, a sopportare la compagnia di suo padre dopo la vita in esilio per molti anni, Shinji non è capace di rifiutare l'invito di Misato a vivere con lei al suo arrivo a Neo Tokyo-3. Anche se Misato non risulta essere il compagno di camera ideale che Shinji aveva in mente, la situazione bizzarra in cui lui si trova a vivere lo aiuterà un pò. Al contrario, lui ed la sua tutrice Katsuragi si trattano come figlio e madre. Loro si vogliono molto bene.

Prima che Shinji arrivasse alla NERV, lui era apatico e aveva perso la fiducia. Comunque, successivamente egli guadagnerà espererienza nel combattere contro gli Angeli e, con l'aiuto di Misato, diverrà gradualmente più fiducioso.